血液培養における最大の敵は、採血者の手指や患者の皮膚に潜む常在菌がボトル内に混入するコンタミネーションです。偽陽性が発生すると、不要な抗菌薬の投与や入院期間の延長を招き、患者への身体的・経済的負担を著しく増大させます。国内外の最新ガイドラインでは、この混入率を3%未満（理想的には1%未満）に抑えることが明確な指標とされています。
皮膚消毒の選択肢としては、主にポビドンヨードやクロルヘキシジンアルコール、消毒用エタノールが用いられます。従来広く使われてきたポビドンヨードは強力な殺菌力を持つものの、皮膚に塗布してから遊離ヨウ素が殺菌効果を発揮するまでに最低1〜2分の乾燥時間を待たなければならないという大きな弱点があります。消毒液が乾く前に穿刺してしまえば、十分な除菌効果は得られません。
迅速な手技が求められる現場では、乾燥時間が短く優れた持続殺菌効果を持つ「1%以上のクロルヘキシジンアルコール（または消毒用エタノール）」を採用する施設が増加しています。消毒薬を塗布した後は、手で触れたり息を吹きかけたりせず、自然乾燥するのを静かに待つ動作こそが、最大のコンタミネーション対策となります。また、患者の皮膚だけでなく、培養ボトルの天面ゴム栓をアルコール綿でしっかりと消毒し、完全に乾燥させる工程も決して怠留めてはなりません。
