過去数千年にわたる日本の歴史を俯瞰した際、多くの歴史学者や知識人が「人智を超えた頭脳」として真っ先に名を挙げるのが、和歌山が生んだ巨人・南方熊楠（みなかたくまぐす）である。彼の生涯に残る南方熊楠 天才エピソードは、現代の認知心理学の常識をも軽々と凌駕している。
幼少期から一度目にした書籍の内容を一字一句違わず記憶する「直観像記憶（カメラアイ）」の持ち主であった熊楠は、小学生時代に『和漢三才図会』全105巻や『本草綱目』といった長大な書物を知人宅で通読し、帰宅後に記憶だけを頼りにすべて毛筆で書き写すという離れ業を演じた。この手写本は現存しており、挿絵の細部に至るまで原本を精密に再現していることが確認されている。さらに海外渡航後は、英語、フランス語、ドイツ語、イタリア語、スペイン語、ラテン語、古典ギリシャ語、アラビア語など計18言語を操り、世界最高峰の学術誌『Nature』に掲載された論文数は51本に達する。この記録は単名著者としては現在も破られていない大記録である。
また、歴史上最も頭のいい日本人として、江戸時代中期の和算家・関孝和も見逃せない。関孝和はニュートンやライプニッツとほぼ同時代、あるいはそれ以前に微積分の概念に到達し、行列式やベルヌーイ数を独自に発見していた。鎖国下の日本において、外部からの情報が遮断された状況で高度な数学大系を単独構築した点において、歴代天才学者 日本の系譜における知的純度は世界最高峰と評される。
さらに、ダイヤモンド・オンラインの日本史分析などで再評価が進んでいるのが、平安末期の「後白河天皇」や近世の「杉田玄白」である。とりわけ後白河天皇は、平清盛、源頼朝、源義経という猛者たちが割拠する動乱期において、権謀術数と人間心理の機微を読み切り、院政の頂点として権力を維持し続けた。知識の多寡ではなく「複雑系としての人間社会をどう動かすか」という政治的知性において、日本史上屈指の明晰さを誇っていたと言える。
