『神さまの言うとおり弐』のクライマックスでは、新世界の「神」を決める最後の戦い「神罰ばばぬき（神の力を使った命懸けのババ抜き）」が繰り広げられました。激闘の末に待ち受けていた結末は、読者の予想をはるかに超える残酷な展開でした。
第壱部の主人公であり、圧倒的なカリスマとして再登場した高畑瞬（たかはた しゅん）は、神になる戦いの道中で壮絶な死を遂げます。瞬の生存と活躍を信じていた初期からのファンにとって、この時点で大きな衝撃が走りました。そして最終決戦の場に残されたのは、第弐部の主人公・明石靖（あかし やすと）と、明石に執着と狂気じみた愛情を注ぎ続けた丑三清四郎（うしみ せいしろう）の2人でした。
明石は自らを犠牲にしてゲームに敗北することを選び、丑三を生かして神の座へと押し上げます。親友や仲間たちの命を背負い続けた明石靖は、そこで完全に死亡しました。ただ一人残り、真の「神」となった丑三でしたが、彼が求めていたのは神の全能の力ではなく、唯一心を許した明石の存在そのものだったのです。
最愛の存在を失い、絶対的な孤独に耐えかねた丑三は、手に入れた神の力を行使して「時間の巻き戻し」を決断します。そして迎えたラストシーン――舞台は再び、第壱部第1話の「あの教室」へと戻ります。しかし、教卓の上に鎮座していたのは本来の「だるま」ではなく、丑三の姿を模した像でした。明石にもう一度会いたいという丑三のエゴによって、数え切れない命が奪われる地獄のデスゲームが再び最初から繰り返されるという、戦慄のバッドエンドで物語は幕を閉じました。
