両者の最大の違いは、従事する施術者が持つ「資格の法的性質」にあります。街頭で見かける整骨院の施術者は、専門学校や大学で3年以上の専門教育を受け、解剖学、生理学、外科学などの厳しい知識と実技を修めた柔道整復師という国家資格の保持者です。厚生労働大臣が認可するこの資格は、骨折、脱臼、打撲、捻挫、挫傷（いわゆる肉離れ）といった急性のケガに対し、骨や関節を正しい位置に戻す整復や患部の固定などの医療類似行為を行うことを認めています。
一方、整体院を開設するために必須となる公的な免許は存在しません。カイロプラクティックや独自の骨盤矯正、筋肉調整などを謳う整体師が掲げているのは、スクールや通信教育、独自団体が発行する整体院の民間資格にとどまります。極端に言えば、専門的な学校を出ていなくても、開業届を提出したその日から「整体師」を名乗ることが法律上は可能です。この制度的背景から、整体院は施術者ごとに知識や手技の修練度に大きなバラつきが生じやすい構造を抱えています。
なお、日常会話で混同されがちな「接骨院」と「整骨院」の違いについて疑問を抱く方も多いですが、両者は看板の屋号が異なるだけで、中身は完全に同一の施設です。いずれも柔道整復師が開設する施術所であり、受託できる業務範囲や保険適用の条件に違いはありません。
