小型限定普通二輪免許の取得費用を調べる際、最も注意すべきなのは「現在の保有免許」と「AT（オートマチック）限定かMT（マニュアル）か」によって総額が劇的に変動する点です。全国の指定自動車教習所の料金データを分析すると、その差額は最大で約7万円に達します。
すでに普通自動車免許を持っている場合、小型二輪免許AT限定費用は全国相場で約6万〜8万円が中心価格帯です。一方、運転免許を一切持っていない、あるいは原付免許のみ所持している場合、同プランでも約10万〜13万円の予算が必要になります。この差を生み出している最大の要因は、法令で定められた「教習時限数」と「学科試験の免除規定」にあります。
道路交通法施行規則の規定により、普通自動車免許の保有者は、二輪免許取得時の学科教習が全26時限のうち「25時限免除」となり、受講義務があるのはわずか1時限（危険予測ディスカッション等）のみです。さらに、教習所を卒業した後の運転免許センター（運転免許試験場）での本免学科試験が免除されるため、小型二輪学科試験免除費用として受験料や平日受験に伴う時間的コストも丸ごと削減されます。
一方、トランスミッションの選択も費用を左右します。小型限定普通二輪MT費用は、クラッチ操作やシフトチェンジの習得に伴い技能教習が2時限多く設定されているため、AT限定と比較して約1万5,000円〜2万円ほど高額（普通免許所持で約8万〜10万円）になります。現在市場で流通している原付二種の約8割以上がスクーターモデルである実態を考慮すると、費用と効率を最優先する場合はAT限定を選択するのが合理的な判断といえます。
