剪定のやり方は、植え付けてからの年数（樹齢）や、地植えか鉢植えかという栽培形態によって180度転換します。成木と同じ感覚で幼木を間引いてしまうと、いつまで経っても木が大きくならず収穫期が遅れてしまいます。
1〜3年目の「みかん幼木の剪定方法」：骨格形成の切り戻し
苗木を植え付けてから3年目までの幼木期は、「実をならせること」を一切目指してはいけません。この時期の至上命題は、太くて頑丈な骨格（主枝・亜主枝）を完成させることです。
植え付け1年目の春は、地上から約50〜60cmの高さで主幹を思い切って一本棒に切り戻します。2年目の春には、そこから放射状に飛び出した元気な新梢の中から、四方にバランスよく伸びる3本の枝を選定して「主枝」とし、先端を約3分の1切り戻して枝の分岐を促します。3年目も同様に亜主枝を配置していきます。この期間に花が咲いた場合は、木の体力を温存するため初夏までにすべての花と幼果を摘み取る（全摘果する）ことが、4年目以降に毎年大量収穫を叶えるための不可欠な投資となります。
「鉢植えみかんの剪定時期」とコンパクト化のテクニック
ベランダや限られたテラスで栽培する鉢植えの場合も、剪定適期は地植えと同じく2月中旬〜3月下旬です。しかし、鉢植え特有の制限として「根のスペースの限界」が存在します。
鉢植えのみかんは、放任すると地上部と地下部のバランスが崩れて急激に樹勢が落ちます。剪定時は、樹高を鉢の高さの2〜2.5倍（約1m〜1.2m程度）に抑える「開心自然形」を目指します。上に向かって伸びようとする枝の先端を、外側を向いている芽（外芽）の直上5mmの位置で切り戻し、横へ横へと広がるように樹形をコントロールします。また、鉢植えは2〜3年に1度、3月の剪定と同時に一回り大きな鉢へ植え替えを行うか、同じ鉢に戻す場合は根鉢の底を3分の1ほどほぐして古い根を整理する「根の剪定」をセットで行うことが、根詰まりによる枯死を防ぐ絶対条件です。
