京都の夜の静寂を破った急襲。暗闇から現れたのは、冷酷無比な暗殺者・緋村剣心だった。同行していた護衛の仲間たちが一瞬で血の海に倒れる中、清里明良だけは違った。圧倒的な実力差を前にしながらも、彼は泥を舐め、血を吐きながら剣を構え直した。
この戦いは、単なる「強い者と弱い者」の決闘ではない。国家の変革を信じて刃を振るう若き暗殺者と、ただ一人の愛する女性の元へ帰るために命を乞う青年武士の、生存をかけた魂の衝突だった。清里の振るう剣には技術を超えた怨念と執着が宿り、本来ならあり得ない一刃が剣心の頬を捉える。刃が皮膚を切り裂いた瞬間、二人の運命は不可逆のループへと巻き込まれた。
なぜ清里の一撃は届いたのか。それは、彼の「生きたい」という生身の人間としての強烈な叫びが、修羅と化していた剣心の心に一瞬の揺らぎと恐怖を生じさせたからに他ならない。剣心が背負う罪の重さは、まさにこの数秒間の死闘から始まったのだ。
