外見こそ初号機を反転・進化させたようなデザインですが、両機には明確かつ決定的な構造の違いが存在します。最も視覚的な特徴といえるのが、胸部の装甲内に格納されている「もう一対の隠し腕」です。通常時は2本腕ですが、覚醒時や槍の抜去時には4本腕へと展開し、人間離れしたシルエットへと変貌を遂げます。
この4本腕と直結しているのが、2本のプラグを並行装填するダブルエントリーシステムです。セントラルドグマ最深部に封印された「ロンギヌスの槍」と「カシウスの槍」の2本を、1機で同時に引き抜く物理的・魂的条件を満たすためにこの特殊機構が組み込まれました。
さらに異質なのが、「自前のATフィールドを持たない」という点です。防御面では周囲に浮遊する球体状の遠隔兵器「RSホッパー」を展開して強固なATフィールドを形成します。自ら境界（心の壁）を作らず、神の肉体そのものとして稼働する13号機の性質は、人間の心を宿す初号機とは対照的な存在として描かれています。
