神代植物公園を象徴する最大のハイライトといえば、本園中央に広がるばら園です。1990年代に「世界バラ会連合優秀庭園賞」を受賞したこの庭園には、約400種・5,200株ものバラが幾何学模様のフランス式沈床庭園（サンクンガーデン）に咲き誇ります。
バラの見頃は年に2回訪れます。春と秋ではその鑑賞体験が大きく異なるため、それぞれの特徴を把握しておくことが満足度を左右します。
- 春バラ（見頃：5月中旬〜6月上旬）：株全体を覆い尽くすような圧倒的な花数とボリューム感が特徴。「春のバラフェスタ」期間中は午前8時からの早朝開園が実施される日もあり、朝露をまとった瑞々しい花びらと芳醇な香りを堪能できます。
- 秋バラ（見頃：10月中旬〜11月上旬）：春に比べて小ぶりながら、冷え込みによって一輪一輪の色合いが深く鮮やかになり、香りが長く滞留するのが魅力です。「秋のバラフェスタ」では夜間ライトアップやコンサートが開催されることもあります。
現在のリアルタイムな開花状況は、東京都公園協会が運営する「神代植物公園 ニュース・開花情報」公式ページや公式X（旧Twitter：@JindaiBotanical）で日々発信されています。特にバラの咲き具合は天候や気温の推移に左右されやすいため、訪問直前の確認が欠かせません。
また、春のバラに先駆けて4月中旬〜下旬には約280種・1万2,000株が咲き乱れる「つつじ園」で見事なつつじまつりが開催され、2月のうめ園、3月下旬〜4月上旬のさくら園と続くリレー開花も見逃せません。
