隠岐への船旅において、最も計画性が問われるのが座席および等級の予約手続きです。大型フェリーの2等客室（大部屋の和室フロア）は基本的に予約不要で当日窓口購入が可能ですが、全席指定席の超高速船レインボージェット予約は、観光ハイシーズン（GW、お盆、秋の連休）には発売直後に満席となるケースが珍しくありません。
レインボージェットの乗船予約は、乗船日の2ヶ月前の同日（午前8時30分頃）から受付が開始されます。インターネット予約または電話窓口で申し込む形となりますが、旅程が決まり次第、受付開始日に手配を完了させるのが安全策です。また、フェリー各船（おき、くにが、しらしま）における上級客室の選択も、移動の快適性を大きく左右します。
快適な船旅を求める旅行者にとって、フェリーしらしま等級をはじめとする客室クラスの選定は極めて重要です。長距離移動でのプライベート空間確保には以下の等級が存在します。
・特別室・特等室：ホテルのツインルームに匹敵するベッド・専用バス・トイレを完備した最高峰の個室。
・1等室：広々とした和室やツインベッドルームで、家族やグループでの利用に最適。
・特2等室：プライバシーが確保されたカプセルベッドタイプ、または仕切りのある指定席座席。
近年は個人旅行者の間で、他人の目を気にせず適度にプライベートが保たれる特2等（寝台タイプ）の人気が急上昇しています。また、現地での島巡りをスムーズにするため、国賀海岸やローソク島などのアクティビティを組み込む際は、隠岐観光船ネット予約もフェリーの便に合わせて前もって手配しておくと、現地でのタイムロスを最小限に抑えられます。
