赤斑病は時間の経過とともに進行し、段階ごとに金魚の体内へ深刻なダメージを与えていきます。軽度の充血にとどまる初期から、組織が破壊される中後期への移行は非常にスピーディです。
中期段階に入ると、体表の赤みは広範囲に広がり、皮膚が溶けたように崩れる潰瘍（穴あき病に近い状態）へと悪化します。さらにエロモナス菌が血管を通じて内臓に達する末期症状では、敗血症を引き起こし、金魚は自力で姿勢を保てず横倒しになってしまいます。
特に警戒すべきは、腎機能の破壊に伴う松かさ病（立鱗病）の併発です。エロモナス菌が腎臓組織を冒すと、体内の余分な水分を排出できなくなり、ウロコが松ぼっくりのように逆立ち、腹水によって体が風船のように膨張します。この段階まで進行すると内臓機能の回復が極めて困難になるため、症状が表皮にとどまっている初期段階での決断が命運を分けます。
