教室には入れないものの、保健室や相談室、適応指導教室（教育支援センター）などへ通う生徒の扱いはどうなるのでしょうか。結論から言えば、保健室登校や別室登校は「出席扱い」として認められるケースが極めて一般的です。
学校教育法施行規則において、出欠の最終的な判断権限は学校長に委ねられています。朝の短時間だけ保健室で過ごした場合や、放課後に登校して担任と面談・課題提出を行った場合でも、校長が「教育的な指導・支援を受けたと認める」と判断すれば、その日は出席（または出席停止や別室出席など）として記録されます。
つまり、教室に入れなくても別室登校を継続していれば、年間30日以上の欠席という基準に達しないため、制度上の不登校児童生徒にはカウントされないことになります。学校復帰へのワンステップとして、まずは別室や保健室を利用する選択肢は非常に有効です。
