ネット上の言説やエンターテインメント小説では、「キリスト教徒が幕府の信仰弾圧に対して起こした純粋な聖戦」という言説が今なお根強く流布されています。しかし、歴史学の現場や天草四郎ミュージアムで提示される緻密な照証は、そうした単眼的な理解に強烈なゆさぶりをかけます。
動乱の真因は、島原藩主・松倉重政・勝家父子、そして天草を領有した唐津藩主・寺沢広高・堅高による、想像を絶する苛政と年貢の過酷な取り立てにありました。当時の天草連峰や島原半島を襲った連年の凶作に対し、年貢を納められない農民の身内に藁蓑を着せて火を放つ「蓑踊り（みのおどり）」や、冷水に沈める凄惨な拷問が白昼堂々と行われていた事実が公記録に残されています。つまり、発端は信教の自由を守る戦いである以前に、生命の危機に瀕した領民全体の「飢餓と過酷な税制に対する生存権の奪還闘争」でした。
では、なぜ益田四郎時貞というわずか15〜16歳とされる少年が総大将として擁立されたのか。背景には、関ヶ原の戦いで西軍に属して敗れた小西行長（天草の旧領主）配下の武芸に長けた牢人集団の計算がありました。卓越した軍略を持ちながらも身動きを取れなくなっていた旧武士団は、かつて宣教師パードレ・マルコスが予言した「東方に天の童子が現れ、宗門を復活させる」という伝承に合致する容姿端麗で弁舌に長けた少年を見出し、象徴として神聖化させたのです。信徒たちの絶望を集約する依り代として四郎は祭り上げられ、飢民たちは四郎の起こしたとされる奇跡（波の上に立つ、盲目を治す等）を命がけで信じるしかなかったという構造が、展示を丁寧に追うことで鮮明に見えてきます。
