ミュウツーの色違いにおける最大の特徴は、通常は深い紫色をしている腹部から尾にかけてのパーツが、鮮明なライムグリーン（蛍光緑）へと劇的に変化する点にあります。体色全体もわずかに明るいホワイトシルバーへとトーンが上がり、暗闇やバトルフィールド上での視認性が極めて高いカラーリングに仕上がっています。
メガシンカを遂げた姿（メガミュウツーX・メガミュウツーY）においても、この緑色のアクセントカラーはそのまま継承されます。ファンコミュニティの間では「初代遺伝子工学の異質さを強調したサイケデリックな美しさ」として高く評価されており、コレクターズアイテムとしてのステータスは伝説ポケモンの中でもトップクラスです。
