最終回最大のクライマックスとなるのが、黒の組織の頂点に君臨するボス・烏丸蓮耶（からすまれんや）の打倒です。単行本95巻（File 1008）において、工藤優作の推理によって「あの方」の正体が半世紀前に不審死を遂げたとされる大富豪・烏丸蓮耶であることが白日の下に晒されました。
組織が莫大な資金と優秀な科学者を投入して研究させていた「APTX4869」は、単なる暗殺用毒薬ではありません。宮野志保（灰原哀）の母・エレーナが残したカセットテープに遺されていた「シルバーブレット（銀の弾丸）」というキーワード、そして「時の流れに逆らって死者を蘇らせようとしている」というベルモットの言葉が示す通り、組織の真の悲願は不老不死、あるいは若返りの秘術です。
烏丸自身が現在も生き延びているのか、それとも生命維持装置や意識のデジタル化、あるいはすでに幼児化して別の人物になりすましているのか。いずれにせよ、FBI、CIA、公安警察（降谷零／安室透）、そして赤井秀一とコナンが結集する包囲網によって、烏丸の虚像が崩壊する瞬間こそが物語最大の山場となります。
