新潟第一高校のもう一つの顔が、活発な部活動です。中でもサッカー部は県内有数の強豪として全国大会出場実績を持ち、県内外から高い技術を持つ生徒が集まることで知られています。野球部や陸上競技部、吹奏楽部なども各種大会で上位進出を果たす実績を誇ります。
注目すべきは、強豪部活動に所属しながら難関大合格を果たす「文武両道」の仕組みです。進学コースを中心に部活動専念型の環境が整っているだけでなく、特進コースの生徒でも効率的な時間管理を行うことでレギュラーとして活躍する事例が見られます。学校側も放課後講習の時間を柔軟に設定するなど、部活動と学業の両立を後押しする配慮を行っています。