市大医学部駅は、金沢シーサイドライン（新杉田駅〜金沢八景駅間）のほぼ中間地点に位置する高架駅です。駅番号は「12」が付与されており、終点の新杉田駅から約14分、金沢八景駅からは約11分で到着します。全線複線・無人自動運転システムを採用しており、平常時は極めて高い定時運行率を誇ります。
東京都内や横浜中心部からアクセスする場合、JR根岸線を経由して新杉田駅で乗り換えるルートと、京急本線を利用して金沢八景駅で乗り換えるルートの2系統が主要な選択肢となります。新杉田駅での接続はペデストリアンデッキを介して約3〜4分、金沢八景駅での接続は駅前広場再開発の完了に伴い段差のないスムーズな乗り換えが可能です。
運行頻度は平日朝のラッシュ時で約4〜5分間隔、日中時間帯は10分間隔（毎時6本）でパターン化されています。受診前の時間調整を行う際は、横浜シーサイドラインの時刻表を事前に確認しておくと、ホームでの待ち時間を最小限に抑えられます。
