長野医療生活協同組合のフラッグシップ病院として、幅広いニーズに応える松本協立病院の診療科目は多岐にわたります。内科、総合診療科、外科、整形外科、小児科、婦人科、皮膚科、リハビリテーション科など、日常的な疾患から専門的な治療までを網羅する体制が整えられています。
特筆すべきは総合診療機能とリハビリテーションの充実度です。「何科にかかればいいのかわからない」という曖昧な不調に対しても、総合診療医が丁寧な初期評価を行い、必要に応じて専門科へ迅速に橋渡しします。松本協立病院の医師紹介ページや院内掲示を確認すると、日本プライマリ・ケア連合学会や各専門学会の認定医・指導医が多数在籍しており、若手医師の育成にも情熱を注ぐ指導体制が敷かれていることが分かります。
また、急性期医療を終えた後の回復期リハビリ病棟や地域包括ケア病棟を備えており、多職種連携（医師、看護師、理学療法士、社会福祉士など）によるカンファレンスが日常的に行われています。単に病気を治すだけでなく、「元の生活へどのように戻るか」までを一貫して支える手厚いチーム医療が、同院の真のストロングポイントです。
