医学博士を取得するためのルートは、歴史的に2つの道筋が存在してきました。大学院医学系研究科博士課程に進学して修了する「課程博士（甲博士）」と、大学院を経ずに論文審査のみで取得する「論文博士（乙博士）」です。しかし、この両者のバランスは文部科学省の大学院改革方針によって激変しています。
医学系の大学院博士課程は、学部が6年制であるため修士課程を挟まず、原則として4年制となっています。学費は国立大学で年間約53万円（4年間で約210万円超）、私立大学では年間100万円〜200万円前後に達します。大学院生となった若手医師は、昼夜を問わず研究室で基礎実験やデータ解析に追われ、生活費を稼ぐために当直などの過酷な非常勤アルバイト（外勤）を掛け持ちする生活を強いられます。
一方、かつて臨床医の王道とされた論文博士と課程博士の違いについて、制度的な変革を押さえておく必要があります。論文博士は、大学院に通わず病院勤務を続けながら執筆した論文を大学に提出して審査を受ける形態です。しかし、国際的な学術基準との整合性や学位授与の透明性を確保するため、文部科学省の指導により論文博士の授与枠は急速に縮小しています。大学によっては乙博士の新規受付を実質的に停止している機関もあり、医学博士取得の難易度は制度的にも時間的にも高止まりしています。論文審査では、査読付きの国際学術誌（SCI採択誌）への筆頭著者としての論文掲載（ファーストオーサー）が絶対条件とされるケースが通例です。
