参与観察は強力な武器である反面、特有のリスクと限界を内包しています。現場を熟知するプロほど警戒するのが観察者効果とバイアス、そして過酷な心理的プレッシャーです。
まず直面するのが、調査者がその場に存在すること自体が対象者の振る舞いを変えてしまう「ホーソン効果（観察者効果）」です。外部の人間がメモ帳を持って立っているだけで、現場の人間は無意識に普段と異なる行動を取ります。この影響を最小化するには、観察者が背景の家具のように気にならない存在になるまで、一定の時間をかけて現場に溶け込む必要があります。
さらに危険なのが、調査者が対象集団に過度に感情移入し、客観的な分析視界を失ってしまう「ゴーイング・ネイティブ（同化の罠）」です。マリノフスキー自身も、死後に出版された日記の中で、現地住民への苛立ちや孤独、そして時折抱く激しい嫌悪感を吐露していました。調査者は常に「内部者の目」で共感しながら、同時に冷徹な「外部者の目」を失わないという、高度な心理的バウンダリー（境界線）を保たなければなりません。
また、現代の調査環境において最も厳密さが問われるのが倫理的配慮と注意点です。対象集団に身元や目的を隠して潜入する「秘密観察（Covert Observation）」は、重大な人権侵害やプライバシー侵害を招く危険があり、学術界・産業界ともに原則としてタブー視されています。どこまで情報を開示し、どの範囲のプライベートを記録しないのかというインフォームド・コンセント（十分な説明と同意）の設計を怠れば、ブランド毀損や法的トラブルに発展します。
