ストーリーモードの進行において、多くのプレイヤーが最初の大きな壁として直面するのが地方ボスの凶悪なお邪魔攻撃です。特に中盤以降に君臨する強敵「オロチ」や終盤の黒幕ボスは、演奏レーンを物理的に隠す猛毒スモークや、譜面のリズムを狂わせるフェイク音符を連続して繰り出してきます。
ヨーカイ大決戦におけるオロチの倒し方には、明確なセオリーが存在します。闇雲に譜面暗記で挑むのではなく、装備のシナジーを活用することが攻略の最短ルートです。
本作のボス攻略の本質は、きせかえによる「お邪魔無効化」と「火力特化」の使い分けにあります。攻撃力が不足して時間切れになる場合は、コンボボーナスが付く装備を選択し、ミスを最小限に抑えて必殺の一撃を叩き込むビルドが極めて有効です。