一般に神社といえば、朱塗りの拝殿や壮麗な本殿を思い浮かべますが、湯殿山神社本宮には人工の社殿建築が一切存在しません。梵字川（ぼんじがわ）の深い渓谷の底、切り立った斜面に鎮座する「巨大な茶褐色の岩」そのものが御神体です。
地質学的見地から検証すると、この御神体は安山岩質の巨大な露頭であり、その裂け目や頂部から弱食塩・硫黄成分等を含む約60℃近い高温の温泉水が絶え間なく自噴しています。噴出する熱湯に含まれる鉄分やカルシウム、各種ミネラルが長い年月をかけて酸化・沈積した結果、岩肌一面が赤褐色（黄金色とも形容される独特の色彩）の湯の花で覆われ、まるで生命体のように湯気を上げながら脈動しています。
参拝者は神職から形代（人形の紙）による修祓を受け、自らの罪穢れを移した形代を清流に流した後、この熱湯が流れる巨岩を素足で登拝します。足裏から伝わる熱泉の温もりと、足元を洗う湯の感触は、まさに大地の体内を巡る血流そのものに触れる体験です。
宗教民俗学の観点において、この形態は人工的な教理が整う以前の「アニミズム・自然崇拝の原初形態」が奇跡的に保存された稀有な事例と評価されています。火山活動による地熱エネルギーと湧出する霊泉を「産霊（むすひ＝生命を生み出す力）」の象徴と見立て、母胎の羊水に見立てることで、湯殿山は「生まれ変わりの霊場」としての絶対的権威を確立したのです。
