訪問を計画する上でまず把握しておきたいのが、入館料金と周辺施設との関係です。小樽市総合博物館本館の料金は、展示内容の充実度に対して非常に良心的な設定となっていますが、夏期と冬期で料金体系が異なる点に注意が必要です。
夏期(概ね4月下旬~11月上旬)の一般料金は400円、冬期(11月上旬~翌年4月下旬)は屋外車両やアイアンホース号が休止期間に入るため300円に減額されます。また、高校生および小樽市内在住の70歳以上は半額、中学生以下は通年無料という手厚い設定です。
さらに、観光客の間で頻繁に混乱が生じるのが、小樽市総合博物館本館と運河館の違いです。運河館は小樽運河沿いの旧小樽倉庫内にあり、小樽の自然環境や北前船交易、町の歴史風俗に特化したコンパクトな施設です。一方の本館は手宮地区に位置し、広大な敷地で鉄道・科学・交通技術を主軸に扱っています。
両方を訪れる予定であれば、現地窓口で販売されている「本館・運河館共通入館券」の利用が必須です。通常の個別購入に比べて実質的な割引・クーポン効果が得られ、お得に2館を巡ることができます。