寺院巡りの愛好者が本行寺を訪れる際、最もトラブルや疑問を生みやすいのが「御朱印」と「御首題」の取り扱いに関する作法です。日蓮宗の寺院では、中央に大きく「南無妙法蓮華経」のお題目（髭題目）をしたためるものを「御首題」、それ以外の文言をしたためるものを「御朱印」と呼び分けます。
伝統的な日蓮宗の慣例として、他宗派（神社や他宗寺院）の墨書が混ざった御朱印帳を提示した場合、お題目ではなく「妙法」などの墨書のみの御朱印対応になるか、あるいは直書きを断られ書置（和紙に印刷または事前揮毫されたもの）の授与になるケースが珍しくありません。これは排他性ではなく、「お題目に対する純粋な信仰の証」として御首題帳を区別する伝統教義に基づいています。
大坊本行寺や日暮里本行寺を参拝する際は、以下の実践的ルールを把握しておくことが推奨されます。
- 日蓮宗専用の「御首題帳」を用意する：中央にお題目が書かれた御首題を直書きで拝受したい場合は、他宗派の混ざっていない御首題専用帳を持参するのが最も確実です。寺務所でもオリジナルの御首題帳を頒布しています。
- 受付時間と法要への配慮：一般的な御首題受付時間は午前9時00分〜午後16時30分頃ですが、法要や檀務の執行中は書き手の僧侶が不在となる場合があります。事前に公式案内等を確認するか、時間に余裕を持って参拝することが肝要です。
- 「月見寺」の呼称に関する誤解：日暮里の本行寺は江戸名所図会にも描かれた高台の月見スポットですが、現在は周辺の都市開発により江戸期のような視界は得られません。往時の風情は境内の句碑や静寂な庭園空間から感じ取るのが正しい鑑賞法です。
