レクサスLS460の後期型は、単なるマイナーチェンジの枠を超え、主要骨格の約半分に及ぶパーツの刷新や、レーザースクリューウェルディング（LSW）、構造用接着剤の投入によってボディ剛性が劇的に引き上げられました。走行静粛性と操縦安定性が前期・中期から飛躍的に進化したモデルです。
後期型のグレード構成は、大きく分けると標準ボディ（ショート）の5系統と、ホイールベースを延長したロングボディ（LS460L）に大別されます。駆動方式はFR（後輪駆動）を中心に、一部グレードにAWDが設定されています。
ショートボディの主なグレード序列は以下の通りです。
- ベースグレード（標準車）：必要十分な装備を備えたエントリー仕様。金属バネサス（コイルサス）を採用。
- version C（バージョンC）：本革シートや助手席制御スイッチなどを追加した実用充実グレード。金属バネサス仕様。
- version C “I package”（バージョンC Iパッケージ）：最上位と同等の「セミアニリン本革シート」や「アルカンターラルーフ」を纏った高級内装×金属バネサスの高バランス仕様。
- version L（バージョンL）：電子制御エアサスペンションを標準装備し、後席パワーシートや充実の空調・オーディオを備えたショーファードリブン対応の最上級グレード。
- F SPORT（Fスポーツ）：後期型で新設された本格スポーツ仕様。専用チューンドエアサス、対向6ポットの専用ブレンボブレーキ、専用エクステリアを装備。
