両ポケモンの共通弱点は「ドラゴン」「ゴースト」「あく」「こおり」「フェアリー」「むし」の6種類。ただし、相手のドラゴン技（ラティオスのドラゴンクロー、ラティアスのげきりん）を受けると、こちらも弱点を突かれて即死級のダメージを被る「ドラゴンの共撃ちリスク」を抱えています。
メガラティオス弱点おすすめ技と対策ポケモンの選定において、2026年環境のトップメタは以下の通りです。
1. メガレックウザ（ドラゴンテール / ガリョウテンセイ or ワイドブレイカー）
文句なしのトップアタッカー。圧倒的な火力倍率により、敵の攻撃を回避しつつ大ダメージを叩き込みます。自身が倒れるまでのDPSは全ポケモン中トップを維持します。
2. ネクロズマ・あかつきのつばさ（シャドークロー / シャドーレイ）
エスパー技に耐性を持ちながら、破格のゲージ技「シャドーレイ」で弱点を突ける新時代の旗手。被弾を抑えつつ安定したダメージを稼ぎ出せるため、全滅ストッパーとして極めて優秀です。
3. メガバンギラス / シャドウバンギラス（かみつく / ぶんまわす）
メガラティアス対策ポケモンGOの防衛線として最も安定した働きを見せるのがあくタイプです。相手がエスパー技主体の場合、二重耐性でシャットアウトしながら高速の「ぶんまわす」を連打可能。耐久に不安があるトレーナーの第一選択肢となります。
4. メガゲンガー / シャドウシャンデラ（したでなめる / シャドーボール）
瞬間火力は抜群ですが、相手の「しねんのずつき」やエスパー技で一撃蒸発するハイリスク・ハイリターン枠。相手の技構成を見極めてからの投入が鉄則です。
