熟練プレイヤーが「にゃんこ大戦争もねこ評価」を語る際、最も熱を込めて言及するのがにゃんコンボの優秀さです。編成枠が10枠に限定されている本作において、わずか2枠の消費で強力な全体バフを得られる組み合わせは極めて重宝されます。
代表的なコンボの1つが、妹であるねねことの組み合わせで発動する「アイドル志願」（効果：キャラクターの攻撃力UP【小】）です。攻撃力が一律10%上昇するこの効果は、アタッカー全体の殲滅力を底上げし、ボス戦の削り速度や資金繰りの効率を劇的に改善します。2枠で攻撃力アップを組み込める手軽さから、速攻編成や周回デッキの定番となっています。
もう1つの象徴的なコンボが、期間限定イベント「開眼の狂乱のもねこ襲来！」などで手に入る狂乱版と組ませる「ミラクルライブ！」（効果：クリティカル率UP【中】）です。発動により編成全体のクリティカル発生率が+2%加算されます。数値としては小さく見えますが、手数の多いキャラクター（「ねこジュラザウルス」や「ネコハリケーン」など）と組み合わせた際、期待値として生じるメタル敵の撃破スピードの差は歴然です。異界にゃんこ塔や逆襲のカバちゃんなど、メタル属性が勝敗を分ける戦場では今なお一線級のシナジーを発揮します。
