武蔵野線における103系の最後を飾ったのは、豊田電車区に所属していた「E38編成(クハ103-821ほか8連)」でした。引退直前の2005年秋からは、前面に特製ヘッドマークが掲出され、連日沿線には多くの鉄道ファンが詰めかけました。
最終運行日となった2005年12月8日、東所沢や西船橋などの主要駅ホームは別れを惜しむ人波で埋め尽くされました。トラブルもなく無事に終着駅へと滑り込んだE38編成は、鳴り止まない拍手と感謝の声に包まれながら静かにパンタグラフを降ろしました。
その後、役目を終えた車両たちは次々と長野総合車両センターや郡山総合車両センターへの廃車回送が実施され、首都圏の鉄道史にひとつの大きな区切りを刻みました。