完全なハッピーエンドを迎えたはずの物語は、完全新作アニメ『ひぐらしのなく頃に 業』および『ひぐらしのなく頃に 卒』によって衝撃の展開を迎えます。本作と旧作の決定的な違いは、惨劇を引き起こすループの主犯が鷹野三四から北条沙都子へと交代した点にあります。
高校進学後、梨花とともに名門「聖ルチーア学園」に入学した沙都子でしたが、厳しい校風と受験勉強に馴染めず孤立。お嬢様として周囲に溶け込んでいく梨花との間に埋めようのない溝が生じ、激しい絶望を味わいます。雛見沢へ戻った沙都子は、古手神社の祭具殿で謎の角に触れたことで、羽入と同格の高次元の魔女「エウア」と遭遇します。
沙都子が魔女化に至った理由は、「大好きな梨花と雛見沢村で永遠に一緒に暮らしたい」という歪んだ独占欲と執着心でした。エウアから記憶を引き継いだまま無限にループする能力を授かった沙都子は、旧作で梨花が100年かけて経験したループの記憶をすべて覗き見ます。そして、鷹野三四の陰謀や雛見沢症候群の特性を完全に逆手に取り、自らの手でH173（症候群を強制発症させる注射薬）を仲間たちに投与して惨劇を意図的に再現し始めました。
梨花の心を完全にへし折り、ルチーア進学を諦めさせるために幾度となく残酷な死を与え続けた沙都子。最新の考察でも激論が交わされるこの「梨花と沙都子の魔女同士の概念的対決」は、最終的にお互いの本音を激突させる殴り合いの末、共依存関係に終止符を打ち、別々の道を歩むことで決着を見ました。
