学位取り消しという処分が確定した関係者のその後には、極めて厳しい現実が待ち受けています。学術の世界において博士号の喪失は、研究者としての信用と職歴を同時に失うことを意味します。
公的機関や大学に所属していた研究者の場合、研究不正の調査結果と連動して懲戒解雇や諭旨解雇の懲戒処分が下されます。さらに、過去に受給していた文部科学省の科学研究費助成事業（科研費）や民間研究助成金の返還を求められ、数年間にわたる新たな競争的資金への申請資格停止処分が科されます。
また、実名報道や大学の公式リリースによって不正の事実が広く社会に周知されるため、民間企業の研究開発部門への再就職も極めて困難を極めます。中には処分を不服として「学位取り消し処分の無効確認」を求める民事訴訟を起こすケースもありますが、大学側の調査委員会による手続きに重大な瑕疵がない限り、裁判所が大学の学問的裁量を覆す判決を下す可能性は極めて低いのが実情です。
