経済面におけるメリットの大きさも見逃せません。国立中学校であるため授業料そのものは無償（0円）であり、必要な費用は教材費、PTA会費、修学旅行積立金、制服・指定学用品代などの諸経費のみです。
私立中学校に通う場合、年間で100万円近い学費がかかるケースも珍しくありませんが、附属長野中学校の年間諸経費はおよそ10万〜20万円程度に収まります。私立並み、あるいはそれ以上のハイレベルな教育環境と仲間を、公立並みの費用負担で得られるコストパフォーマンスの高さは保護者にとって強力な魅力です。
なお、信州大学教育学部附属長野小学校からの内部進学制度については、希望者全員が無条件で進学できるわけではなく、一定の学力基準や調査書、内部選考をクリアする必要があります。そのため、小学校からの持ち上がり組も学習習慣がしっかりと身についており、学年全体の学力水準が高く保たれる構造になっています。
