胃酸分泌を強力に抑えるカリウムイオン競合型アシッドブロッカー（P-CAB：ボノプラザン）と、2種類の抗菌薬（アモキシシリン、クラリスロマイシン）が1シートにまとまったパック製剤「ボノサップパック」は、現在日本の一次除菌で最も広く処方されています。飲み忘れを防ぐ工夫が凝らされている反面、患者の手記やWeb上のレポートでは、服用2〜3日目から押し寄せる身体の変調が生々しく綴られています。
50代主婦の体験ブログでは「自分が思っていた以上に、ちょっと辛いものとなった。3日目の朝から腹部がゴロゴロと鳴り始め、水のような軟便が止まらなくなった」との告白が見られます。このようにピロリ菌除菌の副作用における下痢の対処法としては、まず脱水を防ぐための常温水や経口補水液のこまめな摂取が基本となります。腸内細菌叢が抗生物質によって一時的に壊滅的なダメージを受けるために発生する現象であり、排便回数が1日3〜4回程度の軟便であれば、多くの医療機関で処方される耐性乳酸菌整腸剤（ビオスリーやラックビーなど）を併用しながら服薬を完遂することが推奨されます。ただし、市販の強力な下痢止め（ロペラミドなど）は腸内の薬や毒素の排出を妨げる恐れがあるため、自己判断での服用は厳禁です。
下痢と並んで体験談で圧倒的に多く語られるのが、口腔内の異変です。「口の中に1円玉をずっと含んでいるような鉄の味がする」「食べ物の味がまったく分からず、水すら苦く感じる」といった症状は、クラリスロマイシンが唾液中に分泌されることや、味覚細胞に一時的な影響を与えることで引き起こされます。多くの受診者が「ピロリ菌除菌の味覚障害はいつまで続くのか」と不安を募らせますが、これは薬の代謝に伴う一過性の反応であり、一般的には7日間の服薬終了後、2日〜1週間程度で唾液分泌が正常化し、自然に消失していきます。服薬中は強い刺激物を避け、こまめなうがいや飴・ガムで口内を潤す工夫が有効です。
さらに、ピロリ菌除菌の副作用として発熱や腹痛の詳細まとめに目を向けると、微熱（37度台前半）やシクシクとした上腹部痛・お腹の張り（腹部膨満感）を訴える声も少なくありません。これらも胃酸環境の劇的な変化や腸内環境の乱れによる防衛反応の一種ですが、耐えがたい激痛や高熱を伴う場合は偽膜性腸炎などの重篤な病態を疑う必要があります。
