遠藤保仁氏と貴美子夫人の間には、2男2女の合計4人の子供が誕生しています。プロアスリートとして超多忙な日々を送りながら、子宝に恵まれた温かい家庭を築き上げてきました。
長男の歩夢(あゆむ)さんは2001年度生まれで、幼少期から父の背中を見て育ち、ガンバ大阪のジュニアユースや強豪ユースチームでサッカーに打ち込んできました。プレースタイルには父譲りの広い視野と展開力を垣間見せ、育成関係者の間でも話題を集めました。次男の楓仁(ふうと)さんも2007年生まれで、同様に本格的なサッカー経験を積んでおり、兄弟揃って「ヤット二世」としての期待を受けながら成長を遂げています。
一方、2003年生まれの長女・せなさん、そして2010年代前半に生まれた次女・心愛(ここあ)さんの二人の娘たちは、プライベートを重視してメディアにはほとんど登場していません。関係者によると、遠藤氏は家庭内では非常に穏やかな父親であり、娘たちに対しても頭ごなしに怒ることは一切なく、常に子供たちの自主性を尊重する子育てを徹底していたと語られています。