微レ存のルーツを辿ると、2010年代初頭の巨大掲示板「2ちゃんねる（現5ちゃんねる）」、とりわけ「なんでも実況J（なんJ）」界隈にたどり着きます。
当時、ネット掲示板の一部コミュニティ（真夏の夜の淫夢関連の語録・怪文書）において、「〜の可能性が微粒子レベルで存在している…？」という独特の言い回しが多用されていました。学術用語めいた「微粒子」という大仰な表現と、あまりに荒唐無稽な文脈とのギャップがユーモアを生み、テンプレ構文として瞬く間に大流行しました。
その後、文字数制限のあるTwitter（現X）などの普及に伴って「微粒子レベルで存在している」が「微レ存」へと短縮され、ネット掲示板の枠を飛び出して急速に拡散していきました。
