越谷南高校を語る上で絶対に外せないのが、全国トップクラスの実績を誇る強豪部活動の存在です。特に吹奏楽部とハンドボール部の2大巨頭は、同校の「文武両道」を象徴するフラッグシップとして広く知られています。
ハンドボール部は、男子・女子ともにインターハイ（全国高校総体）や全国選抜大会への出場歴を幾度も重ねる名門です。県内屈指の戦術眼と過酷なトレーニングで鍛え上げられたチームワークは、強豪私立高校がひしめくトーナメントにおいても圧倒的な威圧感を放ちます。練習強度は極めて高く、競技に対して真摯に向き合いたい生徒にとっては、公立高校でありながら全国の頂点を目指せる夢の舞台となっています。
一方の吹奏楽部も、西関東吹奏楽コンクールや全日本アンサンブルコンテストなどでの上位入賞を常連とする実力派集団です。シンフォニックな座奏のみならず、演奏技術と表現力を極限まで研ぎ澄ましたステージングは県内外から高い評価を得ています。土日を含めた長時間の練習や遠征演奏も日常茶飯事であり、部員同士の結束力は極めて強固です。
こうした強豪部に所属する生徒たちは、引退する高校3年の夏・秋まで極度の過密スケジュールと戦うことになります。しかし、この極限状態を乗り越えた経験が、秋以降の受験勉強における爆発的な集中力へと転化する事例（いわゆる「越南マジック」）が毎年数多く報告されています。体力と精神力を極限まで高められる土壌こそが、同校のバイタリティの源泉です。
