食べたあとの種をそのまま庭や植木鉢の土に埋めた場合、発芽率はほぼ0％に近くなります。この現象には、さくらんぼが過酷な自然界を生き抜くために獲得した緻密な防御システムが関与しています。主な阻害要因は次の3点に集約されます。
第1の要因は、果肉に含まれる発芽抑制物質です。植物の果肉にはアブシシン酸をはじめとする発芽を強力に抑える植物ホルモンが含まれており、親植物の体内にいる間や果肉が腐敗する前に種が勝手に芽吹いてしまうのを防いでいます。果肉の繊維がわずかでも殻の表面に残っていると、種は深い眠りから覚めません。
第2の要因は、石のように硬い内果皮（殻）による物理的バリアです。外側の殻が水分や酸素の浸透を遮断し、内部の胚（はい）を守り抜く構造になっています。この硬固な外殻を破棄して発芽スピードを早める手法として、園芸愛好家の間で行われているのがさくらんぼの発芽率を上げる殻割りです。ペンチやニッパーを使って殻の縫合線に慎重に割れ目を入れ、内部にある薄皮に包まれた「仁（胚）」を取り出すことで、吸水を劇的に促進させます。ただし、内部の生長点をわずかでも傷つければ即座に死滅するため、相応の繊細な力加減が求められます。
そして第3の、最も決定的な要因が「低温要求性」です。バラ科果樹の種子は、厳しい冬の寒さを一定期間経験しないと休眠物質が分解されず、発芽ホルモン（ジベレリンなど）が活性化しない生理的メカニズムを持っています。日本の初夏に美味しく食べた種は、気温が最も高い時期に土に入ることになるため、植物生理学的には「休眠が最も深い状態」にあります。この休眠を強制的に解除するプロセスが、人工的な「休眠打破」です。
