日本第一党の組織体制は、設立当初から代表である桜井誠（本名：高田誠）党首への権限集中が極めて強い構造となっています。結党初期に副党首や幹事長、政調会長などの要職に就いていた古参メンバーの多くが去った結果、現在の執行部はごく少数の側近および地方本部長クラスで再編されています。
かつて参謀格としてメディアや街頭演説に頻繁に登壇していた主要役員が相次いで姿を消したことで、党の意思決定プロセスは実質的に桜井氏の直接指揮下にあるといえます。公式サイトや広報で公開されてきた役職構成を見ても、空席となったポストや兼任が目立ち、中央集権的ながらも組織としての実働部隊は大幅に縮小しているのが実情です。
