毎年ランキングが発表されるたびに、メディアが大きく報じる一方で、自治体トップからの苦言やネット上の激しい議論が巻き起こります。過去には群馬県知事が法的措置を検討すると表明するなど、魅力度ランキングの批判や炎上は社会問題としても扱われてきました。
論争の根底にあるのは、調査方法と評価基準の構造的な特徴です。調査は「各地域に対してどの程度魅力を感じるか」という設問に対し、「とても魅力的（100点）」「やや魅力的（50点）」「どちらでもない（0点）」「あまり魅力的でない（0点）」「全く魅力的でない（0点）」の5段階で回答を集計し、加重平均してスコアを算出しています。
この集計システムには以下の2つの構造的バイアスが生じやすいと指摘されています。
- 認知度の圧倒的優位性：訪れたことがない、あるいはメディア露出が少ない地域は「どちらでもない」と回答されやすく、必然的に点数がゼロ換算となる。
- ネガティブ評価の切り捨て：「あまり魅力的でない」と回答されても減点されないため、批判が多くても知名度が高い大都市圏が上位を維持しやすい。
行政関係者の手記や会見記録からも、「居住満足度や産業の充実度が一切反映されず、単なるイメージ調査に自治体の死活が左右されるのは不公平だ」という切実な声が散見されます。調査の設計意図を理解せずに順位の数字だけが独り歩きする風潮こそが、度重なる反発の温床となっています。
