甘長とうがらしを調理する際、まず迷うのが「種を取るべきか、取らないべきか」という点です。結論から言うと、甘長とうがらしの種やワタは取らずに丸ごと食べて問題ありません。ピーマンに比べて種が非常に小さく柔らかいため、加熱するとほとんど気にならなくなります。ただし、口当たりを極限までなめらかにしたい天ぷらや、見た目を美しく仕上げたい高級割烹風の仕立てにする場合は、縦に一本切り込みを入れて種をスプーンなどでしごき取ると上品に仕上がります。
また、辛くないはずの甘長とうがらしを食べて「思わず声が出るほど辛かった」という経験を持つ方も多いでしょう。時々辛い個体に当たる理由は、栽培期間中の強い日差しや極端な乾燥、土壌の高温ストレスによってカプサイシンの生成が促されるためです。スーパーなどで販売されているものは辛味が出にくい選抜品種が主流ですが、自然相手の作物である以上、数本に1本程度の割合で辛いものが混ざることがあります。辛い個体は先端が極端に曲がっていたり、小ぶりで硬く締まっていたりする傾向がありますが、完全に見分けるのはプロでも困難です。
よく混同される「万願寺とうがらし」との違いについても整理しておきましょう。京都の伝統野菜である万願寺とうがらしは、果肉が厚くボリューム感があり、ピーマンに近いどっしりとした食べ応えが特徴です。一方、甘長とうがらし（伏見甘長など）は細長く皮が薄いため、火通りが極めて早く、短時間の加熱で甘みが引き出せるという利点があります。
