多くの利用者が最も不安を抱くのが、「すでに新幹線の指定席を予約している状態でクレジットカードを変更したらどうなるのか」という点です。出張や旅行の予定が確定している状況でカードを変えると、予約が勝手にキャンセルされたり、改札を通れなくなったりするのではないかという懸念がつきまといます。
結論から申し上げると、すでに予約が完了しているきっぷが存在していても、スマートEXのアカウント上でクレジットカード情報を変更することは可能です。既存の予約データが強制解約されることはありません。交通系ICカードとの紐づけも維持されるため、そのまま改札機へタッチして乗車できます。
しかし、極めて危険な盲点となるのが「予約の変更」や「払い戻し（キャンセル）」が発生した際の返金ルートです。スマートEXの決済仕様では、予約を変更して差額が生じた場合、あるいは予約を取り消した際の払戻金は、原則として「その予約を購入・決済した当時の旧クレジットカード」に対して処理されます。
もし「古いカードをすでに解約して破棄してしまった」という状況で予約の払い戻しを実行すると、解約済み口座への返金処理となり、カード会社からの振込口座確認や返金手続きに数週間から数か月単位のタイムラグが生じる事態に陥ります。最悪の場合、手動での組み戻し手数料が発生することもあるため、「予約中の列車にすべて乗車し終えるまで、旧カードの解約手続きは保留する」のが決済管理上の鉄則です。
なお、領収書（利用票）の表記についても注意が必要です。カード変更前に行われた決済の領収書には、購入当時のクレジットカード番号（下4桁）が印字されます。会社の経費精算などで提出する際、新カードの明細と番号が一致しないといった突合作業上の混乱を招かないよう、社内申請時のメモを添えるなどの配慮が求められます。
