アプリの利用自体をやめる、あるいは完全にリセットしたい場合に行うのが「アカウント削除」である。これはアプリを端末からアンインストールする作業とは全く異なる。アンインストールはアプリ本体を消すだけでアカウント情報自体はサーバーに残るが、設定メニューから行うアカウント削除は、LINEに関連するすべての権利とデータを永久に消滅させる。
アカウントを削除すると、購入したスタンプ、着せ替え、LINE Payの残高、連携アプリのデータ、そしてすべてのトーク履歴が即座に無効化され、二度と復元できない。LY株式会社のシステム上からもユーザー識別子が破棄されるため、カスタマーサポートに依頼してもデータの連動復旧は不可能である。実行前には、残高の使い切りや重要データの外部退避を完璧に行わなければならない。