代々木の広大な敷地内には、宿泊棟（A・B・C・D棟）、センター棟、カルチャー棟、スポーツ棟が機能的に配置されており、各施設が渡り廊下や広場で有機的に結ばれています。
宿泊棟のオリンピックセンター 部屋 設備は、棟ごとに異なる特徴を備えています。国際交流や成人研修に対応したA棟・D棟には個室（シングル・ツイン）が多く配置され、プライベートな空間で集中して課題に取り組むことが可能です。一方、B棟・C棟は主に団体向けの複数人部屋や和室が中心となっており、部活動や大学サークルの合宿に適した構造となっています。客室内は簡素ながら手入れが行き届いており、机、椅子、エアコン、読書灯、電源コンセントが完備されています。
一方で、宿泊者が最も事前に把握しておくべき点がオリンピックセンター 宿泊 アメニティの取り扱いです。一般的なビジネスホテルのように、客室内に歯ブラシセット、カミソリ、フェイスタオル、バスタオル、ナイトウェア（寝巻）は常備されていません。これらはすべて利用者自身で持参するか、敷地内の売店で購入する必要があります。シャンプーやボディソープは大浴場やユニットバス内に備え付けられている場合が多いものの、ドライヤーの台数には限りがあるため、各自で事前準備を整えておくのが現場での鉄則です。
文化活動の拠点となるオリンピックセンター カルチャー棟には、750席規模の大ホールをはじめ、小ホール、演劇・ダンスに対応したリハーサル室、音楽室、美術室、本格的な茶室などが集約されています。防音設備の整った練習室は、合唱団や吹奏楽部、劇団の集中稽古場として都内随一の稼働率を誇ります。
さらに身体を動かす環境として、オリンピックセンター スポーツ棟 プール（25m公認温水プール）や広大なメインアリーナ、フィットネスジムが整備されています。一般個人でも所定の個人利用料金を支払うことで温水プールやトレーニング室を利用でき、都心で手軽にスポーツ活動を行える貴重な公的インフラとして機能しています。
滞在中の食生活を支えるオリンピックセンター レストラン 食堂としては、センター棟や宿泊棟周辺に大型カフェテリア「さくら」などが営業しています。栄養バランスが考慮された定食やカフェメニューがワンコイン前後のリーズナブルな価格帯で提供されており、大量の合宿参加者を受け入れるセルフサービス形式が確立されています。
