感染症が疑われる発熱患者と、慢性疾患や予防接種で訪れる非感染患者の接触をどう防ぐかは、小児科選びにおける最大の判断基準です。すこやかこどもクリニックでは、院内感染防止ガイドラインに準拠した厳格な動線分離が徹底されています。
37.5度以上の発熱や強い咳嗽（がいそう）、嘔吐などの症状がある場合、WEB問診の段階でシステムが自動判別し、一般待合室とは異なる専用の隔離ブースまたは院外待機スペースへの誘導が指示されます。診察室自体も隔離仕様の個室が用意されており、医師や看護師が必要な防護具を着用した上で診察を行うため、一般外来の患者が感染リスクに晒される心配がありません。
さらに、乳幼児健診や各種定期予防接種に関しては、一般診察を行わない「クリーンタイム（専用時間帯）」が平日昼過ぎに固定枠として設けられています。感染症の流行期であっても、生後2か月のワクチンデビューから1歳半健診に至るまで、安心して連れて行くことができる環境が整えられています。
