くるまやラーメンを語る上で欠かせないのが、直営店とフランチャイズ店の違いです。運営母体である「株式会社くるまやラーメン」が直接指揮を執る直営店と、独立採算制で自由度の高いFC店の間には、明確なメニューや調理オペレーションの差が存在します。
代表的な違いのひとつが、炒飯（チャーハン）の取り扱いです。多くの直営店では「品質の均一化とオペレーションの迅速化」を最優先とするため、炒め機や職人の鍋振りを要するチャーハンをメニューから外し、ラーメンと餃子、白米に特化しています。一方で、一部のFC店ではくるまやラーメン チャーハン セットメニューを強力な看板として掲げており、強火で香ばしく炒め上げた半チャーハンセットなどが提供されています。
また、サイドメニューの主役であるくるまやラーメン 餃子に関しても、直営店が統一レシピの薄皮ジューシー餃子を提供するのに対し、老舗FC店では独自の厚皮手包み餃子やニンニク増量餃子を展開している事例が確認されています。看板のロゴや店舗外観が酷似していても、入店した店舗によって微妙にセットメニューやサイドのラインナップが異なるのは、この歴史的経緯と契約形態に起因しています。
