現代の感覚からすると、「きょう」を「けふ」、「ちょうちょう」を「てふてふ」と書くのは極めて不自然に映ります。しかし、言語学・国語史の研究において確定している事実は極めてシンプルです。「書かれた当時は、文字通りに発音していた」ということです。
奈良時代から平安時代初期にかけて、日本語の「ハ行」の子音は現在の「h」ではなく、唇を軽く破裂させる「p」または両唇をすり合わせる「ɸ（ファ行に近い音）」で発音されていました。つまり、「てふてふ」は「teputepu（テプテプ）」あるいは「tefutefu（テフテフ）」、「けふ」は「kefu（ケフ）」と、当時の人々は発音していたのです。
ところが平安時代中期以降、日本語の発音に劇的な地殻変動が起こります。語中・語尾にあるハ行の音が「ワ行（w）」へと軟音化していく「ハ行転呼音（はぎょうてんこおん）」と呼ばれる現象です。これに伴い、「kefu（ケフ）」は「kewu（ケウ）」へ、さらに母音同士が滑らかに融合して「kyō（キョウ）」へと変化しました。同様に「tefutefu」は「tewutewu」を経て「chōchō」へと移り変わりました。
話し言葉（発音）は時代とともに生き物のように変化していきましたが、書き言葉（文字）は公式記録や和歌の権威を守るために固定化され、発音と表記の間に巨大な断絶が生まれました。これこそが、私たちが直面する現代仮名遣いとの違いの正体です。
