瑞浪市化石博物館の最大のハイライトといえば、土岐川河川敷に広がる「野外学習地」での化石発掘体験です。化石発掘と聞くと専門的な技術が必要に思えるかもしれませんが、ここでは地層の脆い泥岩や砂岩を割る作業が中心となるため、発掘が初めての小さな子どもやビギナーでも高確率で本物の化石に出会えます。
瑞浪市一帯は、新生代新第三紀中新世と呼ばれる約1700万年〜1500万年前に浅い海や汽水域、森林だった場所です。そのため、貝類（二枚貝や巻貝）の化石をはじめ、植物の葉、サメの歯、カニの爪などの化石が豊富に堆積しています。タガネを岩の割れ目に差し込み、ハンマーで軽く叩くだけで、まるでタイムカプセルを開けたかのように貝の美しい化石が姿を現します。
採掘した化石は、貴重な学術資料となる例外を除いて原則として1人1箱程度持ち帰りが可能です。自分で掘り出した何千万年も前の本物の化石を手にしたときの感動は、デジタル全盛の現代において格別の体験価値を与えてくれます。
