組織の屋台骨であった科学研究部門の崩壊は、コードネーム「シェリー」こと宮野志保（現・灰原哀）の脱走から始まりました。
宮野志保は、両親が遺した研究データを引き継ぎAPTX4869の開発に従事していました。しかし、姉である宮野明美が組織から理不尽に射殺された事件を機に研究をボイコット。組織のガス室に監禁された際、自決のために隠し持っていたAPTX4869を服用した結果、体が幼児化して排気口から脱走に成功しました。
情報漏洩を極度に恐れる組織は、裏切り者や任務失敗者に対して容赦のない粛清を行ってきました。
【主な死亡・粛清キャラクター一覧】
・宮野明美：妹（シェリー）を組織から抜け出させるための強盗任務後、ジンにより射殺。
・ピスコ（枡山憲三）：長年ボスに仕えた重鎮幹部。暗殺現場の失態を写真に撮られ、ジンに頭部を撃ち抜かれ粛清。
・カルバドス：ベルモットに心酔していた凄腕スナイパー。赤井秀一に両足を折られ、逃亡不可能となり自決。
・アイリッシュ（劇場版）：ボスの信頼が厚かった幹部。警察潜入任務の果てにジンのヘリから銃撃され死亡。
・キュラソー（劇場版）：ラムの右腕だった情報収集のスペシャリスト。少年探偵団との交流を経て離反し、遊園地を守るため圧死。
・ピンガ（劇場版）：ラムの側近として潜入工作を指揮。ベルモットの策略とジンの無情な爆破により海底で死亡。
