武蔵野線の利便性を享受する上で避けて通れないのが、主要ジャンクション駅における乗り換えのハードルです。貨物線規格で高架や掘割に造られた駅が多く、他線との乗り換えには立体的な大移動を伴います。
府中本町駅乗り換え：南武線との高低差と競馬開催日の混雑
起点となる府中本町駅乗り換えは、武蔵野線ホームが相対式2面2線の掘割構造、南武線ホームが島式ホームとなっています。乗り換え自体は跨線橋を介して比較的スムーズに行えますが、コンコースへの階段・エスカレーター付近に乗客が集中しやすい構造です。さらに東京競馬場の最寄り駅であるため、競馬開催日（特に重賞レース日）の夕方以降は臨時改札口が開放されるほどの超満員となり、日常の乗り換えペースが完全に崩れる点に留意してください。
南浦和駅乗り換え案内：高架から地下通路への階段トラップ
埼玉屈指の接続駅である南浦和駅乗り換え案内において知っておくべきは、京浜東北線と武蔵野線の交差形態です。武蔵野線は高い高架上にホーム（5・6番線）があり、地上を走る京浜東北線（1〜4番線）との間を移動するには、階段を2フロア分昇降する必要があります。朝夕のラッシュ時には乗り換え階段が激しく混雑し、列がホーム上にまで伸びることが日常茶飯事です。乗り換え標準時分は3〜4分と案内されますが、ラッシュ時は5〜7分の余裕を見ておくのが現実的な自衛策となります。
西船橋駅武蔵野線ホーム：9〜12番線の立体迷宮
最大の関門となるのが西船橋駅です。総武線各駅停車や東京メトロ東西線が地上2階レベルに位置するのに対し、西船橋駅武蔵野線ホーム（および京葉線直通ホーム）は高架上の3階部分（9・10・11・12番線）に位置しています。
特に東西線・東葉高速鉄道からの乗り換え改札（連絡改札機）を通過した直後、どのホームからどの方面行きが出るのかが時間帯によって異なります。9・10番線が主に武蔵野線府中本町方面、11・12番線が京葉線東京・海浜幕張方面という基本ルールはあるものの、折り返し運用によって発車番線が頻繁に変動するため、コンコースの発車標で「発車番線」を1列車ごとに必ず確認する動線確認が必須です。
