本作最大の特徴であり、多くのプレイヤーが頭を抱えるのがエピックミッキー エンディング分岐 条件の複雑さです。物語の舞台「ウェイスト・ランド」の運命は、ミッキーが手にした魔法の筆で「何を描き、何を消したか」によって冷徹に裁かれます。ゲーム中の選択肢は単なる会話イベントにとどまらず、街の景観、住人との関係性、そして最終的なエピローグのカットシーンに直接反映されます。
エンディングの結末は、主に「主要ボスの撃破手段（ペイントで友好的に解決したか、イレーサーで完全に消滅させたか）」と「各エリアのサブクエスト達成状況・街の復興度」の掛け合わせで算出されるカルマ値によって決定されます。
エピックミッキー ペイント イレーサー 選択肢がもたらす主要な3つの結末は以下の通りです。
- グッドエンディング（守護者・ウェイストランドの救世主）：
すべてのボス（クロックタワー、ピート、マッド・ドクター、メカフック船長など）をペイントで浄化・修復し、オズワルドとの信頼を完全に回復して街の復興を完遂したルート。オズワルドとオルテンシアが平和を取り戻し、ミッキーは真の英雄として現実世界へ帰還します。 - バッドエンディング（破壊者・シンナースペシャリスト）：
ボスをイレーサーで溶かして消滅させ、住民の依頼を無視または破壊的な手段で解決し続けたルート。荒廃したウェイスト・ランドが残され、オズワルドとの関係性にも深い爪痕と孤独が刻まれるビターな結末を迎えます。 - ニュートラルエンディング（中立・混沌）：
一部のボスを救済し、一部を消滅させるなど、プレイヤーの選択が混ざり合った場合に発生。救われたエリアと見捨てられたエリアの明暗が分かれるエピローグが描かれます。
特に驚きをもって語られるのが、ボスの生死だけでなく「街角の小さなオブジェクトを消したまま放置したか」といった細かな行動ログまでがエンディングの背景描写に影響を与える点です。自らの選択がどのような世界を残すのか、一筆一筆に責任を持つ姿勢が求められます。
