物語中盤で明かされる最大の衝撃が、主人公・立花瀧（東京在住の高校生）とヒロイン・宮水三葉（糸守町在住の女子高生）の間に生じていた「3年間の時間軸のズレ」です。瀧が三葉と入れ替わっていたのは2016年でしたが、三葉が生きていたのは隕石が落ちる直前の2013年でした。
瀧が三葉に会うために飛騨を訪れた際、糸守町がすでに3年前に消滅し、犠牲者名簿に「宮水三葉」の名を見つけるシーンは、多くの観客に絶望を与えました。しかし、なぜこのような超常現象が起きたのでしょうか。
宮水神社に代々伝わる「組紐（くみひも）」作りや「口噛み酒」、そして祖母の一葉が語った「誰かと入れ替わる不思議な夢」の体験は、すべて1200年ごとに訪れる隕石激突の危機から町民を救うための巫女の血脈の防衛システムでした。過去にも糸守湖を作った隕石落下があり、その記憶は形を変えて神社の神事や組紐の文様に刻まれ続けていたのです。3年の時空を超えた魂の交錯は、運命に抗うために必然として引き起こされた奇跡でした。
